海运单在实践中也存在着一些问题，为此，国际海事委员会制订并通过了《海运单统一规则》。
    海运单的不足主要体现在以下两方面：
1、进口方作为收货人，但他不是运输契约的订约人，与承运人无契约关系，如果出口方发货收款后，向承运人书面提出变更收货人，则原收货人无诉讼权。
《海运单统一规则》第三条规定：“托运人订立运输合同，不仅代表自己，同时也代表收货人，并且向承运人保证他有此权限”，同时，第六条规定：“托运人具有将支配权转让收货人的选择权，但应在承运人收取货物之前行使，这一选择权的行使，应在海运单或类似的文件上注明。”这项规定既明确了收货人与承运人之间也具有法律契约关系，也终止了托运人在原收货人提货前变更收货人的权利。
2、对出口托运人来说，海运单据项下的货物往往是货到而单未到，进口方已先行提货，如果进口收货人借故拒付、拖付货款、出口方就会有货、款两失的危险。为避免此类情况，可以考虑以银行作为收货人，使货权掌握在银行手中，直到进口方付清货款。
海运单将会作为海运提单的替代单据，得到更加广泛的应用，了解海运单方面的知识，才能更好地适应国际贸易的不断发展。